2007-2009

El 2007 acabó cuarto en el torneo Clausura y decimocuarto en el Apertura, consiguiendo el triste "récord" de ser el primer equipo que pierde con los cuatro recién ascendidos de Segunda División desde la disputa de los torneos cortos en Argentina. Además, fue eliminado en primera fase de la Copa Libertadores tras 14 años, luego de perder los dos partidos contra el Caracas FC, lo que convirtió a este último en el primer equipo venezolano en conseguir una victoria en Argentina. También ese año llegó a las semifinales de la Copa Sudamericana, siendo eliminado por Arsenal de Sarandí, al empatar los dos partidos sin goles y perder 4-2 por penales en el Monumental, motivando la renuncia de Passarella.

En 2008 Diego Simeone asumió el cargo de director técnico. River llegó hasta los octavos de final de la Copa Libertadores, instancia en la que fue eliminado en el Monumental por San Lorenzo, equipo que consiguió empatar 2-2 con nueve jugadores tras dos expulsiones. Un mes después, consiguió su trigésimo tercer título local, al consagrarse ganador del Torneo Clausura 2008 una fecha antes de su finalización y con el juvenil Diego Buonanotte como goleador del equipo con 9 tantos.

Clausura 2008

En el torneo siguiente los malos resultados (se registró una racha de más de diez partidos sin ganar) sumada la eliminación en cuartos de final de la Copa Sudamericana derivaron en la salida de Simeone del club antes de la finalización el torneo, y en que el equipo termine por primera vez en su historia en el último lugar de la clasificación, con 14 puntos sobre 19 encuentros jugados.

En 2009 Néstor Gorosito asumió la dirección técnica. Con él llegaron las incorporaciones de Mariano Barbosa, el retorno de Marcelo Gallardo y la incorporación de Cristian Fabbiani. A lo largo del campeonato el equipo decayó en su nivel. En la Copa Libertadores perdió los tres partidos disputados como visitante y no consiguió superar la fase de grupos. El técnico renunció luego de perder con San Lorenzo en la séptima fecha del Torneo Apertura jaqueado por las internas del plantel,¹⁰ la eliminación temprana de la Copa Sudamericana, la falta de refuerzos de jerarquía y la presión de la hinchada por los flojos desempeños del plantel en especial de Cristian Fabbiani. Pese a los regresos de Matías Almeyda al fútbol profesional luego de estar tres años retirado, y la vuelta de Ortega después del préstamo a Independiente Rivadavia, el equipo no encontró un rumbo. Recién luego de la novena fecha con la contratación de Leonardo Astrada como DT del equipo se empezaron a ver vestigios de mejoras, pero no alcanzó para terminar la campaña en el decimocuarto puesto.

El 5 de diciembre de 2009 hubo elecciones para elegir a un nuevo presidente de la institución, luego de ocho años bajo la administración de José María Aguilar. Daniel Passarella fue el ganador, superando por seis votos al candidato Rodolfo D'Onofrio.¹¹